サイト購入費は経費にできる？勘定科目と仕訳の完全ガイド｜M&A視点で読み解く

サイト購入費は、原則として経費計上が可能ですが、勘定科目はサイトに搭載された機能と用途によって「広告宣伝費」「ソフトウェア（無形固定資産）」「のれん（営業権）」「繰延資産」の 4 つに分岐します。「Web サイトをまるごと取得したものの、購入代金をその期に全額損金にできるのか、それとも資産計上して数年に分けて減価償却すべきなのか判断できない」——こうした相談は、M&A 仲介プラットフォームで案件成約後の経理担当者から頻繁に寄せられる代表的な論点の一つです。サイト購入費の経理処理は、単なる勘定科目選択の問題ではなく、当期の課税所得・キャッシュフロー・税務調査リスクのすべてに直結する経営判断です。

本記事では、M&A 仲介プラットフォーム M&A-WEB の視点から、サイト購入費の経費計上ロジックを「機能 × 用途 × 更新頻度」の 3 軸で構造化し、サイト購入の勘定科目判定フローチャート、サイト購入の仕訳例 3 ケース、2026 年最新のインボイス制度・少額減価償却資産特例の取り扱いまでを体系的に解説します。経理判断の精度を一段引き上げ、税務リスクを抑えながらサイト購入の効果を最大化するための実務ガイドです。

サイト売買そのものの全体像については、サイト売買の基礎知識｜売却から購入までの完全ガイド も併せてご覧ください。なお、本記事は一般的な解説であり、個別具体的な経理処理・税務判断については必ず顧問税理士または所轄税務署にご相談ください。

サイト購入費を経費にする際の結論｜4 分類と判定 3 原則

サイト購入費の経理処理は、(1) 機能の有無、(2) 用途、(3) 更新頻度の 3 軸で「広告宣伝費」「ソフトウェア」「のれん」「繰延資産」の 4 つに分岐します。 仕訳の出発点はこの 4 分類のどこに該当するかを決めることです。

サイト購入費の経理処理を判断するうえで押さえておくべき原則は次の 3 つです。

第一に、購入したサイトに「検索」「ログイン」「決済」「予約」「動画配信」などのソフトウェア機能が含まれているかどうかで、まず大きく分岐します。ソフトウェア機能を含まないコーポレートサイト・LP・オウンドメディアであれば、原則として「広告宣伝費」または「繰延資産」のいずれかになります。ソフトウェア機能を含む場合は、「ソフトウェア（無形固定資産）」として資産計上し、減価償却する必要があります。

第二に、用途（PR 中心か事業中核か）で判定が変わります。自社の商品・サービスの認知向上を主目的とするサイトは広告宣伝費寄りに、EC サイト・予約サイト・SaaS など事業収益を直接生むサイトはソフトウェア寄りに分類されます。

第三に、更新頻度が重要です。1 年以内に更新を行う前提であれば広告宣伝費として一括計上の余地がありますが、1 年超利益を生むことが明らかであれば繰延資産化または無形固定資産化の対象になります。

さらに M&A 取引でサイトを取得する場合、「取得価額 > 純資産価値」となる差額部分が発生すると、税務上の「資産調整勘定（のれん）」として 5 年間の均等償却が必要になります（法人税法第 62 条の 8）。このとき個別資産（ソフトウェア・ドメイン・コンテンツ）への配分順序を誤ると、後日税務調査で否認されるリスクがあるため、譲渡契約書段階での価額按分が重要になります。

経理処理に迷ったら、M&A-WEB のサイト売却・購入の無料相談から、過去案件の処理事例をベースにした実務目線のヒアリングをご利用いただけます。

サイト購入費の経費判定フローチャート｜3 軸で 4 分類に振り分ける

サイト購入費の勘定科目は、「ソフトウェア機能の有無 → 用途 → 更新頻度」の順に判定すると、迷わず 4 分類に振り分けられます。 以下のフローチャート（テキスト構造）で順を追って判定します。

判定ステップ 1: ソフトウェア機能の有無

最初の判定軸は、購入したサイトに以下のような機能が組み込まれているかどうかです。

• ログイン機能（会員制サイト・マイページ）
• オンラインショッピング機能（受注・決済・在庫管理）
• 検索機能（サイト内検索・データベース連動）
• 予約機能（カレンダー連動・在庫引当）
• ゲーム機能・動画配信機能（プレーヤー実装）
• 独自 CMS・SaaS バックエンド

これらの機能のうち 1 つでも該当する場合は ステップ 2-A（無形固定資産ルート） へ進みます。該当しない、または問い合わせフォーム・資料請求フォーム程度の軽微なフォームのみであれば ステップ 2-B（広告宣伝費ルート） へ進みます。

なお、WordPress に標準搭載されている MySQL は、サイト運営者がデータベース機能として直接利用するわけではないため、これだけをもって「ソフトウェアあり」と判定する必要はありません。判定の基準は「サイト訪問者に対して何らかのインタラクティブ機能を提供しているか」「事業の収益獲得・業務効率化に直接寄与するプログラムを含んでいるか」です（個別判定は税理士相談を推奨）。

判定ステップ 2-A: ソフトウェアありの場合

ソフトウェア機能を含むサイトを購入した場合は、ソフトウェア（無形固定資産） として資産計上し、原則として耐用年数 5 年（自社利用目的）で減価償却します。耐用年数の根拠は減価償却資産の耐用年数等に関する省令で、自社利用ソフトウェアは 5 年、複写販売目的・研究開発目的は 3 年と定められています（国税庁タックスアンサー No.5461）。

ただし、以下の特例があります。

• 取得価額 10 万円未満: 全額その期の損金算入が可能（少額減価償却資産）
• 取得価額 10 万円以上 20 万円未満: 一括償却資産として 3 年均等償却が選択可能
• 中小企業者等で取得価額 30 万円未満: 「中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例」(措法 67 の 5) により、年間 300 万円を上限に全額その期の損金算入が可能（適用期限は令和 8 年 3 月 31 日まで。令和 8 年度税制改正大綱では取得価額 40 万円未満への引き上げ・令和 11 年 3 月 31 日までの 3 年延長が示されています）

判定ステップ 2-B: ソフトウェアなしの場合

ソフトウェア機能を含まないサイト（オウンドメディア・コーポレートサイト・LP など）を購入した場合は、更新頻度 で次に分岐します。

• 1 年以内に更新を行う前提: 広告宣伝費として一括計上
• 1 年超利益を生むことが明らかで更新も行わない: 繰延資産として均等償却または任意償却

判定ステップ 3: M&A 取得かつ事業性ありの場合

サイト購入が単なる資産取得ではなく、収益を生んでいる事業ごと譲り受ける（事業譲渡・株式譲渡）形態で、取得価額が時価純資産価値を上回る場合、その差額は 資産調整勘定（税務上の「のれん」） として処理する必要があります。資産調整勘定は法人税法第 62 条の 8 に基づき 5 年間で均等償却し、各事業年度の損金に算入されます。

判定の流れを表で整理すると次のとおりです。

判定軸	該当条件	勘定科目	根拠
ソフトウェア機能あり	EC / 予約 / 動画配信等	ソフトウェア（無形固定資産）	耐用年数省令別表第三
ソフトウェア機能なし × 1 年以内更新	オウンドメディア・LP	広告宣伝費	法人税基本通達 7-1-1
ソフトウェア機能なし × 1 年超利益	静的サイト長期運用	繰延資産	法人税法施行令 14 条
M&A で取得価額 > 純資産	事業譲渡・株式譲渡	資産調整勘定（のれん）	法人税法 62 条の 8

広告宣伝費として計上する場合｜該当条件と仕訳例

サイト購入費を広告宣伝費として一括計上できるのは、ソフトウェア機能を含まず、かつ 1 年以内に更新を行う前提のサイトに限られます。 該当条件と仕訳例を具体的に解説します。

広告宣伝費の定義と該当条件

広告宣伝費は、不特定多数のユーザーに対して企業が宣伝活動を行う際に発生する費用を計上する勘定科目です。サイト購入については、以下のすべてを満たすケースが典型例です。

• 自社の商品・サービスの認知向上を主目的とするサイト（コーポレートサイト・オウンドメディア・LP など）
• 検索・決済・予約などのソフトウェア機能を含まない、または問い合わせフォーム程度の軽微な機能のみ
• 1 年以内に部分的にでもサイト更新を行う前提
• 取得価額が極端に高額でない（数百万円程度までが目安）

逆に、購入後 1 年以上更新を予定しないサイトを取得した場合、税務上は繰延資産として均等償却が必要になる可能性が高く、当期一括損金にはできません。

仕訳例 ケース 1: オウンドメディア 200 万円を購入

借方	金額	貸方	金額	摘要
広告宣伝費	2,000,000	普通預金	2,000,000	Web サイト購入費用（オウンドメディア取得）

仕訳例 ケース 2: 取得後にチラシ・雑誌で告知を併用

サイト取得後、サイト訪問導線として広告物を組み合わせる場合の関連仕訳も併記しておきます。

借方	金額	貸方	金額	摘要
広告宣伝費	100,000	普通預金	100,000	チラシ印刷費用（サイト誘導用）
広告宣伝費	70,000	普通預金	70,000	雑誌掲載費用（サイト紹介記事）

仕訳例 ケース 3: ソフトウェア該当だが取得価額 8 万円のサイトを購入

中小企業者等の少額減価償却資産の特例に該当する場合（取得価額 10 万円未満）、ソフトウェア機能の有無にかかわらず一括計上が可能です。実務では「広告宣伝費」または「消耗品費」として処理することが多く、これは経理担当者の運用に合わせて選択して問題ありません。

借方	金額	貸方	金額	摘要
広告宣伝費	80,000	普通預金	80,000	サイト購入費用（10 万円未満一括計上）

注意点｜繰延資産化リスク

広告宣伝費として処理しても、税務調査で「1 年以内にサイト更新が行われていない」「実質的に資産性が高い」と判断されると、繰延資産または無形固定資産への振り替えが指導されるリスクがあります。リスク回避のためには、購入後の更新ログ（記事追加・デザイン修正・コンテンツ差し替え）をスクリーンショットや更新履歴で残しておくことが推奨されます（個別判定は税理士相談を推奨）。

取得対象のサイトが広告宣伝費・無形固定資産・のれんのどれに該当しそうか、購入前にラフ試算したい場合は、M&A-WEB の無料相談 でディール構造の整理と合わせてご相談ください。

無形固定資産（ソフトウェア）として計上する場合｜耐用年数 5 年と仕訳例

ソフトウェア機能を含むサイトを購入した場合は、無形固定資産として資産計上し、原則として耐用年数 5 年で減価償却します。 国税庁タックスアンサー No.5461 と減価償却資産の耐用年数等に関する省令別表第三が根拠となります。

取得価額に含めるべき費用

ソフトウェア（無形固定資産）の取得価額は、購入代価のほか、以下の費用も加算する必要があります（国税庁タックスアンサー No.5461）。

• 購入の代価
• 購入に要した費用（仲介手数料・登記費用・移管費用など）
• 事業の用に供するために直接要した費用（初期設定・自社仕様への修正作業など）

逆に、取得価額に算入しないことができる費用としては、研究開発費（自社利用ソフトウェアでは、利用により将来の収益獲得または費用削減にならないことが明らかなものに限る）、製作計画変更による仕損じ費用、製作原価のおおむね 3% 以内の少額付随費用などがあります。

耐用年数の根拠

• 自社利用目的のソフトウェア: 耐用年数 5 年（減価償却資産の耐用年数等に関する省令別表第三）
• 複写して販売するための原本ソフトウェア: 耐用年数 3 年
• 研究開発用ソフトウェア: 耐用年数 3 年

償却方法は定額法で、平成 19 年 4 月 1 日以後取得分の耐用年数 5 年定額法の償却率は 0.200、耐用年数 3 年定額法の償却率は 0.334 です。

自社利用ソフトウェアの減価償却計算例

購入価額 300 万円・耐用年数 5 年・自社利用目的のソフトウェアを期首に取得した場合:

• 年間の減価償却費 = 3,000,000 円 × 0.200 = 600,000 円
• 5 年間で全額を均等に償却

期中取得の場合は月割計算となり、たとえば 10 月（事業年度 4 月～3 月）に取得した場合は 600,000 円 × 6/12 = 300,000 円が当期償却額となります。

市場販売目的のソフトウェアを取得した場合

販売目的のソフトウェアを含むサイトを購入した場合、減価償却費は次の計算式で算出します（国税庁タックスアンサー No.5461）。

減価償却費 = （購入の代価 + 購入に要した費用の額 + 事業の用に供するために直接要した費用の額） × 当期実績販売数量 / 各年度期首の販売見込数量

例: 見込販売数量 1,000 個、初年度実績 800 個、ソフトウェア取得価額 700 万円の場合、初年度の償却費は 700 万円 × 800/1,000 = 560 万円となります。次年度は未償却残高をベースに同様に計算します。

仕訳例｜ソフトウェアの取得と償却

ケース 1: EC サイト（決済機能あり）を 500 万円で取得（耐用年数 5 年・自社利用・期首取得）

取得時:

借方	金額	貸方	金額	摘要
ソフトウェア	5,000,000	普通預金	5,000,000	EC サイト取得（無形固定資産計上）

各期末償却時:

借方	金額	貸方	金額	摘要
減価償却費	1,000,000	ソフトウェア	1,000,000	EC サイト減価償却（5 年定額法）

ケース 2: 中小企業者で取得価額 25 万円の予約サイトを取得（少額減価償却資産特例該当）

借方	金額	貸方	金額	摘要
消耗品費	250,000	普通預金	250,000	予約サイト購入（措法 67 の 5 特例適用）

別表 16（7）への記載と確定申告書への添付が必要です。

ケース 3: ソフトウェアの一部に研究開発費が含まれる場合

借方	金額	貸方	金額	摘要
ソフトウェア	3,000,000	普通預金	8,000,000	SaaS バックエンド取得
研究開発費	5,000,000			自社開発予定機能の研究開発相当額

研究開発費部分は、将来の収益獲得または費用削減にならないことが明らかな場合に限り取得価額から除外できます。区分の合理性が問われるため、契約書段階で内訳を明示しておくのが安全です。

のれん（資産調整勘定）として計上する場合｜M&A 取引特有の処理

M&A でサイトを事業ごと取得し、取得価額が時価純資産価値を上回る場合、その差額は資産調整勘定（税務上の「のれん」）として 5 年間で均等償却します。 法人税法第 62 条の 8 が根拠です。

のれん発生のメカニズム

のれんは、買収対象のブランド力・SEO 評価・運営ノウハウ・既存ユーザー基盤など、貸借対照表に乗らない「超過収益力」を金額化したものです。サイト M&A では、たとえば次のような場面で発生します。

• 毎月 200 万円の利益を生むメディアサイトを 1,000 万円で取得
• サイトの個別資産（ドメイン・コンテンツ・ソフトウェア・在庫）を時価評価すると 200 万円
• 差額 800 万円が資産調整勘定（のれん）となり、5 年間で均等償却

この場合、税務上は 800 万円 ÷ 5 年 = 160 万円が毎年の損金算入額になります。

平成 29 年度税制改正による月割計算

平成 29 年 4 月 1 日以後に取得した営業権（資産調整勘定含む）の減価償却費は、取得した事業年度について月割計算が必要になりました。

当期償却限度額 = 全期間分の償却限度額 × 事業の用に供した日から事業年度末日までの月数 / 当該事業年度の月数

例: 3 月決算法人が 11 月に資産調整勘定 1,000 万円を取得した場合の当期償却限度額は、(1,000 万円 ÷ 5 年) × 5 か月 / 12 か月 ≒ 833,333 円となります。

仕訳例｜資産調整勘定の計上と償却

ケース: 月利益 200 万円のメディアサイトを 1,000 万円で M&A 取得、純資産価値（ドメイン + コンテンツ + ソフトウェア）の時価評価 200 万円

取得時:

借方	金額	貸方	金額	摘要
ソフトウェア	1,500,000	普通預金	10,000,000	サイト取得（個別資産）
無形固定資産（ドメイン等）	500,000			ドメイン・コンテンツ
資産調整勘定	8,000,000			のれん相当額

各期末償却時（期首取得・5 年均等）:

借方	金額	貸方	金額	摘要
減価償却費	1,600,000	資産調整勘定	1,600,000	のれん償却（法人税法 62 条の 8）

会計と税務のずれに注意

会計基準では、のれんは取得後 20 年以内で任意償却（規則的な償却が原則）となります。一方で税務上は耐用年数 5 年に固定されているため、会計上 10 年で償却した場合、税務申告書上で差額を別表四・別表五で調整する必要があります。

中小企業者で取得価額 30 万円未満のサイトを取得した場合は、特例によりのれん相当部分も含めて一括損金算入できるケースがありますが、個別判定は税理士相談を推奨します。

M&A でサイトを取得した際の価額按分（ソフトウェア / ドメイン / コンテンツ / 資産調整勘定）に迷う場合は、契約書ドラフト段階で M&A-WEB の無料相談 にてディール構造の確認をご利用ください。価額按分の整理は税務リスクの予防に直結します。

繰延資産・研究開発費としての取り扱い

サイト購入費のうち、1 年超利益を生むことが明らかなものは繰延資産として計上し、開発要素を含むものは研究開発費として処理します。 いずれも当期一括損金にはできないため、経理処理の選択肢として把握しておくことが重要です。

繰延資産化の要件

繰延資産は、すでに代価の支払いが完了している、または支払義務が確定しており、これに対応する役務の提供を受けたものの、その支出の効果がその支出の日以後 1 年以上に及ぶ費用です（法人税法第 2 条第 24 号、施行令第 14 条）。

サイト購入費が繰延資産化される典型ケースは、(1) ソフトウェア機能を含まず、(2) 1 年以上更新を行わないことが見込まれ、(3) 1 年超にわたって企業の収益基盤として機能する静的サイトを取得した場合です。

繰延資産は、税務上「均等償却」または「任意償却」を選択できます。任意償却は、その効果の及ぶ期間内であれば、任意の年度に任意の金額を償却できるため、損益コントロールに活用可能です。

研究開発費としての処理

サイト購入と同時に、未確定の機能拡張・新サービス開発を含む場合、その開発相当部分は研究開発費として費用処理できる場合があります。研究開発費は、「将来の収益獲得または費用削減にならないことが明らかな」自社利用ソフトウェアの研究開発相当額に限り、ソフトウェア取得価額から除外して費用処理が認められます（国税庁タックスアンサー No.5461）。

研究開発税制（試験研究費の総額に係る税額控除）の適用要件を満たす場合は、別途、法人税額からの税額控除が受けられる可能性もあります。中小企業者の場合は控除率が優遇されているため、サイト購入と同時に新規開発を行う際は、研究開発費の区分管理を契約段階で意識しておくと有効です（適用判断は税理士相談を推奨）。

税務上の注意点｜インボイス制度・少額減価償却資産特例・追加投資

サイト購入費を経費計上する際は、インボイス制度の経過措置、中小企業者等の少額減価償却資産特例、購入後の追加投資の取り扱いの 3 点を 2026 年最新版で確認する必要があります。

インボイス制度（適格請求書等保存方式）の影響

2023 年 10 月 1 日に開始したインボイス制度では、適格請求書発行事業者以外（免税事業者・登録番号なし課税事業者）からサイトを購入した場合、原則として購入時に支払った消費税相当額の仕入税額控除ができなくなります。

ただし、経過措置として以下のスケジュールで段階的に控除割合が引き下げられています（国税庁タックスアンサー No.6498）。

• 2023 年 10 月 1 日 ～ 2026 年 9 月 30 日: 仕入税額相当額の 80% を控除可能
• 2026 年 10 月 1 日 ～ 2029 年 9 月 30 日: 仕入税額相当額の 50% を控除可能
• 2029 年 10 月 1 日 以降: 控除不可（原則通りインボイスが必要）

なお、令和 8 年度税制改正大綱では、本経過措置の延長と控除割合引き下げペースの緩和が示されています。サイト売買では個人売主が免税事業者であるケースが少なくないため、購入価格交渉時に「適格請求書発行事業者かどうか」を確認し、インボイスを発行できない場合は仕入税額控除減少分を価格に織り込むことが実務上の鉄則です。

中小企業者等の少額減価償却資産の特例（措法 67 の 5）

中小企業者等が、取得価額 30 万円未満のソフトウェアまたは資産調整勘定を令和 8 年 3 月 31 日までに取得・事業供用した場合、年間 300 万円を上限に全額その期の損金算入が可能です（国税庁タックスアンサー No.5408）。要件は次のとおりです。

• 青色申告法人である中小企業者等
• 常時使用する従業員 500 人以下（特定法人は 300 人以下）
• 確定申告書に別表 16（7）を添付

令和 8 年度税制改正大綱では、取得価額基準を 40 万円未満に引き上げ、対象法人を「従業員 400 人以下」に絞り込み、適用期限を令和 11 年 3 月 31 日まで 3 年延長することが示されています（最新法令の施行状況は国税庁の公表資料でご確認ください）。

サイト購入後の追加投資（改修・機能追加）の取り扱い

サイト購入後に、機能改修・コンテンツ追加・SEO 強化・サーバー移転などの追加投資を行うことがあります。それぞれの取り扱いは次のとおり整理できます。

追加投資の内容	勘定科目（原則）	補足
ドメイン更新料	通信費 / 支払手数料	年 1,000-3,000 円程度
レンタルサーバー代	通信費 / 賃借料	月額または年額
コンテンツ更新（記事追加）	広告宣伝費 / 外注費	PR 用途中心の場合
SEO コンサル	広告宣伝費 / 業務委託費	内訳で分けても可
新機能の開発（決済追加等）	ソフトウェア（資本的支出）	取得価額に追加計上、5 年償却
自社使用ソフトの軽微なバグ修正	修繕費	機能追加でないことが明確な場合

「資本的支出」と「修繕費」の判定は法人税基本通達 7-8-1 ～ 7-8-7 に詳細があり、おおむね「機能向上・耐用年数延長を伴うものは資本的支出」「現状維持のためのものは修繕費」と整理されます。判定が困難な場合は、原則として資本的支出として処理しつつ、税理士に最終判定を相談するのが安全です。

M&A 仲介プラットフォームを利用する経費計上上のメリット

M&A 仲介プラットフォームを通じてサイトを購入すると、取引価格・付随費用の内訳が明確になり、勘定科目判定と価額按分の負担を大幅に軽減できます。

メリット 1: 取引価格と付随費用の内訳が明確

個人間での直接取引（マッチングサイトを介さない取引）では、譲渡対価のうち「ドメイン代相当」「コンテンツ著作権譲渡相当」「ソフトウェア相当」「のれん相当」の按分が口頭合意のみで終わり、契約書に明記されないことが少なくありません。これは購入後の経理処理で大きな問題となります。

M&A 仲介プラットフォームを利用すると、譲渡契約書のテンプレートに資産明細欄が用意されているケースが多く、譲渡対象資産（ドメイン・コンテンツ・ソフトウェア・在庫・顧客リスト）を内訳付きで明示できます。これにより、購入後の仕訳判定が容易になり、税務調査時の説明資料としても活用できます。

メリット 2: 専門家連携で税務リスク低減

M&A 仲介プラットフォームでは、税理士・弁護士・会計士との連携体制が整備されているケースが多く、デューデリジェンス段階で「のれん相当額の試算」「ソフトウェア該当性の判定」「インボイス制度上の留意点」を事前確認できます。これにより、購入後に「実は資産計上が必要だった」「インボイスが取れず仕入税額控除が大幅に減少した」といった想定外の税務影響を回避できます。

メリット 3: 取引完了報告書・領収書が整備される

仲介プラットフォーム経由の取引では、決済後に取引完了報告書・領収書・適格請求書（仲介手数料分）が整備されるため、経理証憑として完備された状態で取引が完了します。サイト購入は不動産取引と異なり登記制度がないため、こうした証憑類が後日の所有権主張や税務調査対応における重要な根拠となります。

メリット 4: 個別交渉の負担を軽減

サイト購入の経費計上では、「分割払いとした場合の費用計上時期」「成功報酬型仲介手数料の処理」「アーンアウト条項付き取引の取り扱い」など、複雑な経理論点が発生します。仲介プラットフォーム上で標準化された契約条件・支払条件を採用することで、こうした論点の発生確率を低減できます。

サイト購入で失敗しないための一般的な注意点については、サイト購入で失敗しないための完全ガイド｜M&A視点で読み解く も併せてご確認ください。

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よくある質問

まとめ｜サイト購入費の経費判定 3 原則と次のアクション

サイト購入費の経費計上を整理するうえで押さえておくべきポイントは次の 3 つです。

第一に、勘定科目判定の出発点は「機能 × 用途 × 更新頻度」の 3 軸 です。ソフトウェア機能の有無で大きく分岐し、機能なしであれば更新頻度で広告宣伝費と繰延資産に分かれます。機能ありの場合は原則 5 年の減価償却が必要になります。M&A で事業ごと取得した場合は、取得価額が時価純資産価値を上回る分が資産調整勘定（のれん）として 5 年均等償却の対象になります。

第二に、中小企業者であれば少額減価償却資産特例を最大限活用する ことです。取得価額 30 万円未満（令和 8 年 3 月 31 日までの取得・令和 8 年度税制改正大綱では 40 万円未満への引き上げ予定）であれば、年間 300 万円を上限に一括損金算入が可能です。少額案件を複数取得する戦略では、特例適用の有無が当期キャッシュフローを大きく左右します。

第三に、2026 年最新版のインボイス制度の経過措置を必ず確認する ことです。免税事業者からの取得では、2026 年 9 月までは 80%、2026 年 10 月以降は 50% に控除割合が引き下げられます。価格交渉時にインボイス発行可否を確認し、控除減少分を価格に織り込むのが鉄則です。

サイト購入は、不動産取得と同じく中長期の経営判断であり、勘定科目選択ひとつで当期課税所得と税務調査リスクが大きく変わります。経理処理に迷う場合は、購入前段階で M&A 仲介プラットフォームの専門家連携を活用し、ディール構造と価額按分を整理しておくことが、購入後のトラブルを最小化する最良の方法です。

サイト売買そのものの全体像については、サイト売買の基礎知識｜売却から購入までの完全ガイド を、購入時のリスク全般については サイト購入で失敗しないための完全ガイド を併せてご覧ください。価額按分の事前試算・売却査定・売り手とのマッチングについては、M&A-WEB の無料相談 からお気軽にお問い合わせください。Web メディア・EC サイト・SaaS の売買を検討されている方は、まずは M&A-WEB トップページ から取引の流れをご確認ください。

なお、本記事は 2026 年 5 月時点の一般的な税務情報に基づく解説です。個別具体的な経理処理・税務判断については、必ず顧問税理士または所轄税務署にご相談ください。

出典・参考資料

• 国税庁タックスアンサー No.5461「ソフトウエアの取得価額と耐用年数」(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5461.htm)
• 国税庁タックスアンサー No.5408「中小企業者等の少額減価償却資産の取得価額の損金算入の特例」(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5408.htm)
• 国税庁タックスアンサー No.6498「適格請求書等保存方式（インボイス制度）」(https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6498.htm)
• 法人税法第 62 条の 8（資産調整勘定及び負債調整勘定の損金算入等）
• 法人税法施行令第 13 条（減価償却資産の範囲）・第 14 条（繰延資産の範囲）・第 48 条の 2（減価償却資産の償却の方法）
• 減価償却資産の耐用年数等に関する省令 別表第三（無形減価償却資産の耐用年数表）
• 財務省「令和 8 年度税制改正の大綱」(https://www.mof.go.jp/tax_policy/tax_reform/outline/fy2026/08taikou_03.htm)
• 中小企業庁「少額減価償却資産の特例」(https://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/zeisei/tokurei/syougaku_shisan.html)