この記事の目次
- この記事の結論
- 補助の対象は「専門家費用」と「買収後の統合」の2つに分かれ、買収代金は経費区分に出てこない
- 16次公募は2026年11月6日17時まで受付中だが、専門家との契約は交付決定日以降のものしか対象にならない
- 買い手支援類型はDDの実施が要件で、FA・仲介費用は登録機関のものだけが対象になる
- 買収後のシステム統合は、PMI推進枠の2類型のどちらで申請するかで対象が変わる
- コードや顧客リストだけを買う形は、補助の対象になる経営資源の引継ぎにならない可能性がある
- 採択されても、成約しなければ対象経費が絞られ、自己都合の中止なら全額が対象外になる
- 補助金を除いた資金計画を先に作り、補助が付いたら戻る額として扱う
- よくある質問（FAQ）
- 出典
システム開発会社を買うとき、デューデリジェンス（DD）や仲介・FAの費用、買収後のシステム統合の費用に、国の補助金を使えるかどうかは、資金計画に影響します。この記事は、中小企業庁の事業承継・M&A補助金（事務局が公募要領を公開）の2026年10月18日時点の最新回である十六次公募（16次公募）の公募要領を読み、買い手が使える可能性のある枠と、使えない費用、受給が決まるまでの条件を整理します。
この記事の結論
- 買収代金そのものは、16次公募の経費区分に出てきません。 補助の対象は、専門家に払う費用（専門家活用枠）と、買収後の統合のための専門家費用・設備投資等（PMI推進枠）に分かれます。
- 16次公募は2026年11月6日17時が締切で、確認日時点は受付期間内です。 ただし専門家との契約は交付決定日以降のものに限られ、すでに契約した費用は対象になりません。
- 採択されなければ0円で、成約しなかった場合や自己都合で止めた場合は対象経費が絞られたり、全額が対象外になったりします。 補助金を除いた資金計画を先に作ります。
この記事の対象：SES・受託開発・自社プロダクトなどのシステム開発会社を、株式譲渡や事業譲渡で買うことを検討している中小企業の経営者・経営企画の方。
システム開発会社のM&A全体の論点は、システム開発会社のM&A DATAにまとめています。この記事は、そのうち公的な補助金が使えるかだけを扱います。補助率・上限・期間は、特に断りがなければ16次公募（公募要領 Ver.1.0、2026年9月）の数値です。回次が変わると変わりうるため、申請するときは該当回の公募要領で確かめてください。
補助の対象は「専門家費用」と「買収後の統合」の2つに分かれ、買収代金は経費区分に出てこない
結論： 買い手が見る枠は、専門家活用枠（買い手支援類型）とPMI推進枠の2つです。買収の対価を補助する区分は、公募要領の経費区分に挙がっていません。
専門家活用枠（買い手支援類型・売り手支援類型）の補助対象経費の区分は、謝金、旅費、外注費、委託費、システム利用料、保険料です（売り手支援類型には別に廃業費の区分があります）。株式や事業の取得に払う対価は、この区分に含まれていません。PMI推進枠の事業統合投資類型の区分は、設備費、外注費、委託費です。
| 使いたい費用 | 枠・類型 | 補助率 | 補助上限額（下限） | 主な条件 |
|---|---|---|---|---|
| FA・仲介の手数料、DD費用、表明保証保険の保険料など | 専門家活用枠 買い手支援類型 | 補助対象経費の2/3以内 | 600万円。DD費用を申請する場合は+200万円（下限50万円） | 補助事業期間内に専門家との契約と、基本合意書または最終契約書の締結が行われる予定であること（クロージングしなければ上限300万円）。DDの実施が要件 |
| 買収後の専門家（弁護士・会計士・税理士・中小企業診断士・経営コンサルタント等）の費用 | PMI推進枠 PMI専門家活用類型 | 補助対象経費の1/2以内 | 150万円（下限50万円） | クロージングから3年以内（単独申請の場合）。最終契約の締結が要件 |
| 買収後のシステム導入、設備、工事など | PMI推進枠 事業統合投資類型 | 小規模事業者等は2/3以内、それ以外は1/2以内 | 800万円。賃上げ要件を満たす場合は1,000万円（下限100万円） | クロージングから3年以内。生産性向上の計画が要件 |
専門家活用枠の買い手支援類型には、「買い手支援類型 100億企業特例」（補助上限2,000万円）もあります。公募要領は、この特例を別の公募要領で定めています。本記事では扱いません。
| 避けたい判断 | こうすればOK |
|---|---|
| 買収代金の一部が補助されると見て資金計画に入れる | 経費区分に挙がっている費用（専門家・保険・システム利用料、統合の設備等）だけを補助の候補にする |
| 補助率の2/3を、支払う費用の2/3が戻ると読む | 上限額・対象経費の範囲・採択の有無で変わるため、戻る金額は仮置きにとどめる |
| 先にFAやDDの契約を結び、あとから使える補助金を探す | 契約の時期が対象かどうかを、契約の前に確認する（次の章） |
16次公募は2026年11月6日17時まで受付中だが、専門家との契約は交付決定日以降のものしか対象にならない
結論： 確認日（2026年10月18日）時点で、16次公募は受付期間内です。ただし、申請してから交付決定までに時間があり、その前に契約した専門家費用は対象になりません。
中小企業庁の「補助金の公募・採択」の一覧には、十六次公募の公募要領公表（2026年9月4日）と、申請受付期間の10月2日から11月6日が載っています。公募要領は申請受付期間を「2026年10月2日（金）～2026年11月6日（金）17:00」とし、「厳守」としています。確認日からは残り19日です。事務局のサイトに載っている16次公募の予定は次のとおりです。
| 手続き | 予定（事務局のサイト、2026年10月18日確認） |
|---|---|
| 公募申請受付 | 2026年10月2日（金）～11月6日（金）17:00 |
| 採択 | 2026年12月下旬以降、順次 |
| 交付申請受付 | 2027年1月上旬～ |
| 交付決定 | 2027年1月下旬以降、順次 |
| 補助事業期間（専門家活用枠の公募要領） | 2027年1月（下旬予定）から14か月以内を想定 |
| 補助金の交付手続き | 2027年10月上旬以降、順次 |
予定部分は事務局が「暫定スケジュール」としており、変更されることがあります。次の公募回の日程は、取得した資料には載っていません。
専門家活用枠の公募要領は、補助対象経費の契約・発注が「交付決定日以降かつ補助事業期間の間」であり、支払いまでがその期間内に完了している経費であることを求めています。FA・仲介の成功報酬について、公募要領は契約時期ごとの該当可否を次のように示しています。
| ケース | 専門家との契約 | 最終契約 | 成功報酬の支払い | 補助対象経費 |
|---|---|---|---|---|
| ① | 補助事業期間内 | 補助事業期間内 | 補助事業期間内 | ○ |
| ② | 補助事業期間の開始前 | 補助事業期間内 | 補助事業期間内 | × |
| ③ | 補助事業期間の開始前 | 補助事業期間の開始前 | 補助事業期間内 | × |
| ④ | 補助事業期間内 | 補助事業期間内 | 補助事業期間の終了後 | × |
中間報酬は、基本合意書（意向表明書は不可）を締結したときの支払いについて、同じ考え方で整理されています。公募要領は、補助事業期間の開始前に最終契約を締結しているのに、覚書などで最終契約日を補助事業期間内に延長する行為は、原則として補助事業期間内の最終契約とみなさないとも書いています。
申請にはJグランツの電子申請とGビズIDプライムのアカウントが要ります。公募要領は、アカウントの申請・発行に1週間から2週間、混雑時は3週間程度かかるとしています。取得していない場合は、これだけで締切に間に合うかが問題になります。
買い手支援類型はDDの実施が要件で、FA・仲介費用は登録機関のものだけが対象になる
結論： 補助を使うなら、DDを実施する前提で計画します。FA・仲介の費用は、中小企業庁の登録制度に登録された事業者のものに限られます。
買い手支援類型の公募要領は、補助対象事業の要件として、次の3点を挙げています。
- 経営資源を譲り受けたあとに、シナジーを活かした生産性向上等を行うことが見込まれること
- 地域の雇用をはじめ、地域経済全体を牽引する事業を行うことが見込まれること
- 補助対象経費にDD費用を計上するかどうかを問わず、DDを実施すること
DD費用を経費に計上する場合は、交付申請時に実施予定のDDの見積書が求められ、実績報告時に証憑が求められます。計上しない場合も、実績報告時にDDを実施した証憑が求められます。公募要領のDDの説明は、財務DD・法務DDのほか、事業DD、税務DD、人事労務DD、知的財産DD、環境DD、不動産DD、ITDDなど多様なDDがあると書いています。システム開発会社では、ソースコードの権利、OSSのライセンス、外注先の成果物といったIT関連の確認が、このITDDにあたると本記事では読みます。確認項目の例は、システム開発会社 買収 不採算案件やシステム開発会社 M&A 契約 引継ぎにまとめています。
費用の種類ごとの扱いは、次のとおりです。
| 費用 | 公募要領の扱い |
|---|---|
| FA・M&A仲介の手数料（相談料、着手金、中間報酬、成功報酬） | 「M&A支援機関登録制度」に登録された登録FA・仲介業者のものだけが対象。登録の確認は交付決定時 |
| M&Aマッチングサイトの登録料・利用料・成約手数料 | システム利用料の区分。サイトがFA・仲介のサービスを付加的に提供する場合、その部分は委託費の区分で、登録FA・仲介業者のものに限る |
| 表明保証保険の保険料 | 買い手支援類型では、買い手が手配する保険が対象。買い手と売り手の重複加入は不可。実績報告時に利用の理由などの報告が求められる |
| 外注・委託の費用全般 | 原則2者以上の相見積が必要。取得しない場合は、不要とされる条件に当たらなければ対象にならない |
国の他の補助金や助成金と、同一または類似の内容で重複する事業は対象外です。たとえば、買収後の同じシステム導入費を別の国の補助金にも申請するといった形は、公募要領が重複として扱います。DD費用は、公募要領の別紙「補助対象経費」で、補助額ベースで200万円以内とされています（有資格者による財務・税務・法務DD等を複数行う場合は、1種につき200万円までを認める場合があります）。対象業務や対象会社の規模に比して明らかに過大な場合は、内訳の説明を求められ、減額されることがあります。
買収後のシステム統合は、PMI推進枠の2類型のどちらで申請するかで対象が変わる
結論： 専門家に払う費用なら専門家活用類型、システム導入や設備なら事業統合投資類型です。同一公募回に出せる組み合わせにも制限があります。
| 項目 | PMI専門家活用類型 | 事業統合投資類型 |
|---|---|---|
| 対象の費用 | 謝金、旅費、委託費（要件を満たす専門家が支援したものに限る） | 設備費、外注費、委託費 |
| 補助率・上限 | 1/2以内、150万円 | 小規模事業者等は2/3以内、それ以外は1/2以内。800万円（賃上げ要件を満たす場合1,000万円） |
| 時期の要件 | 単独申請は、公募申請期日時点でクロージングから3年以内。交付申請時点で最終契約を締結していること | 公募申請期日時点でクロージングから3年以内。公募申請時点で基本合意に係る契約をしており、交付申請時点で最終契約を締結していること |
| 同一公募回の組み合わせ | 専門家活用枠の買い手支援類型との同時申請ができる | 専門家活用枠の買い手支援類型、PMI専門家活用類型（単独申請）と、同一公募回で申請できない |
| 対象外 | 説明会の開催、個別面談、主要取引先への説明など（公募要領に例示） | 士業等の専門家を活用したPMIの実施。委託費のうち、M&A仲介手数料、DD費用、M&Aコンサルティング費用、PMI専門家への手数料 |
事業統合投資類型の公募要領は、補助事業期間を含む5年間の事業計画で、付加価値額または1人当たりの付加価値額の伸び率が年3％の向上を含む計画であることを求めています。付加価値額は営業利益、人件費、減価償却費を足したものです。達成状況は補助事業の終了後の事業化状況報告で確認されます。賃上げ要件（1人当たり給与支給総額の上昇率が3％以上）を満たして上限を1,000万円に引き上げた場合、達成できなければ引き上げ分（最大200万円）の返還を求められます。
事業統合投資類型の公募要領が挙げる実施例には、「業務統合・効率化を目的としたシステムの導入・最適化等」があります。PMI専門家活用類型の公募要領は、管理機能の整備の例として、中小PMIガイドラインから、ITシステム分野のライセンス等違反の抑止、情報セキュリティ対策、ITシステム管理方針の明確化を引いています。いずれも例示です。システム開発会社の買収後に、開発環境やソースコード管理、勤怠・会計の仕組みの統合がどこまで当たるかは、公募要領に書かれていないため、申請前に事務局のコールセンターなどで確かめる必要があります。
導入した機械や器具のうち、取得価格が単価50万円以上のものは、交付規程が処分を制限する財産としています。処分するときは事務局の承認が要ります（取得した交付規程の記載。事務局のサイトは2026年9月4日の更新版を案内しています）。
コードや顧客リストだけを買う形は、補助の対象になる経営資源の引継ぎにならない可能性がある
結論： 補助の対象は、実質的な事業再編・事業統合を伴うM&Aです。ソースコードのような無形資産だけを買う形は、公募要領が原則対象外としています。
| 形態・状況 | 公募要領の記載 | 買い手が確認すること |
|---|---|---|
| 事業譲渡で無形資産のみ（ブランド・ノウハウ等）を買う | 有形資産のみ、無形資産のみの譲渡は原則対象外 | プロダクトのコードや顧客リストだけを買う形でないか。従業員・顧客・設備を含む「有機的一体」の引継ぎか |
| 従業員の引継ぎがない | 常時使用する従業員1名以上の引継ぎがない場合、要件を満たさないと事務局が判断する可能性がある | 引き継ぐ従業員の有無と雇用の形 |
| 株式譲渡で議決権が過半数に満たない | 譲渡後に買い手が持つ議決権が過半数に満たない場合は、実質的な事業統合とみなされない例 | 取得する株式の割合 |
| 取引価格が専門家費用に比べて低額 | 取引価格の合理性が確認できない場合は、対象外とみなされる例 | 譲渡価格の算定根拠 |
| 買い手の決算 | 申請時点で3期分の決算・申告が完了していない法人は対象外 | 買収のために新しく作る法人が買い手になる場合は、本記事の整理では、この要件に当たるか事務局に確認が必要 |
買い手そのものの要件もあります。中小企業者の資本金・従業員の基準は業種で異なり、ソフトウェア業・情報処理サービス業は資本金3億円以下または従業員300人以下です。直近3年分の課税所得の平均が15億円を超える企業や、みなし大企業は対象外です。
採択されても、成約しなければ対象経費が絞られ、自己都合の中止なら全額が対象外になる
結論： 補助金は事業完了後の精算払いで、先に全額を支払います。採択は審査で決まり、成約の有無で受け取れる範囲が変わります。
公募要領は、審査を資格要件の審査と書面審査で行い、買い手支援類型の着眼点として、経営資源引継ぎの計画が補助事業期間内に適切に取り組まれるものであること、財務内容が健全であること、買収の目的・必要性、買収による効果・地域経済への影響、買収実現による成長の見込みを挙げています。採択されなかった理由の問い合わせには応じないとも書いています。
事務局のサイトに載っている直近の採択結果は、次のとおりです。枠全体の数字で、買収の種類や業種ごとの数字ではありません。
| 公募回 | 専門家活用枠 | PMI推進枠 |
|---|---|---|
| 14次公募 | 申請299件、採択180件 | 申請43件、採択27件 |
| 15次公募 | 申請312件、採択194件 | 申請47件、採択28件 |
採択後も、次の条件で金額が変わります。
- 補助事業期間内にクロージングしなかった場合、買い手支援類型の補助上限額は300万円に変更され、原則としてDD費用のみが補助対象経費として認められます。
- 買い手支援類型で、相手方の責によらず、申請者の一方的な自己都合で経営資源引継ぎが実現しなかったと事務局が判断した場合は、すべての補助対象経費が認められず、交付後でも交付決定が取り消されることがあります。
- 契約上の不備、相見積の未取得、支払方法や支払者の不備などがあると、実績報告の内容によって交付額が減額されることがあります。
仮の数字で、金額の違いを見ます。補助対象になりうる費用（税の扱いは考えない）が750万円（うちDD費用200万円）で、先に全額を支払ったとします。
| 場面 | 補助額 | 自己負担 |
|---|---|---|
| 採択され、成約し、全額が認められた | 750万円×2/3＝500万円（上限の範囲内） | 250万円 |
| 採択されたが、補助事業期間内に成約しなかった（DD費用のみ対象） | 200万円×2/3＝約133万円 | 約617万円 |
| 不採択 | 0円 | 750万円 |
| 自己都合の中止と事務局が判断した | 0円（対象経費がすべて認められない） | 750万円 |
補助金を除いた資金計画を先に作り、補助が付いたら戻る額として扱う
結論： 本記事の整理では、補助金は「あれば自己負担が減る」金額として扱い、案件の成否や価格の判断は補助金なしで行います。
- 補助金なしで案件が成立するかを先に確かめます。 上の表の下2行のように、補助がまったく出ない場面があります。
- 契約を急ぐ場合と、補助の対象にするために待つ場合を比べます。 FAとの契約を先に結べば、その費用は対象になりません。待つあいだに案件が動くリスクと、補助額を比べます。
- 事務局に確認する項目を書き出します。 買収の形態、引き継ぐ従業員、IT関連のDD費用、買収後のシステム統合費用が、どの類型のどの経費区分にあたるかです。
- 申請書の作成を外部に頼む場合は、頼める人を確認します。 公募要領は、行政書士（行政書士法人）でない者が有償で申請書の作成を代行すると、行政書士法違反にあたる可能性があるとしています。また、申請者自身が内容を理解して申請することを求めています。
法令や税務の判断が要る箇所は、弁護士・税理士・行政書士などの専門家に確認してください。
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よくある質問（FAQ）
Q1. システム開発会社の買収代金に、事業承継・M&A補助金は使えますか？ A. 16次公募の公募要領の補助対象経費の区分（謝金、旅費、外注費、委託費、システム利用料、保険料、設備費など）に、株式や事業の取得対価は挙がっていません。補助の対象は、FA・仲介やDDなどの専門家費用と、買収後の統合のための費用です。
Q2. 2026年10月時点で、申請できますか？ A. 確認日の2026年10月18日時点で、16次公募の申請受付期間（2026年10月2日～11月6日17時）の中にあります。次の公募回の日程は、取得した資料には載っていません。申請する場合は、事務局のサイトで最新の公募要領を確認してください。
Q3. すでにFAと契約している場合、その費用は補助の対象になりますか？ A. 専門家活用枠の公募要領は、補助対象経費の契約・発注が交付決定日以降で、補助事業期間の間であることを求めています。補助事業期間の開始前に専門家と契約した費用は、成功報酬の支払いが期間内であっても対象になりません。個別の契約が該当するかは、事務局に確認してください。
Q4. DDを実施しなければ、買い手支援類型の補助金は使えませんか？ A. 買い手支援類型は、補助対象経費にDD費用を計上するかどうかを問わず、DDの実施を補助対象事業の要件としています。DD費用を計上しない場合も、実績報告時にDDを実施した証憑を提出します。DD費用を申請する場合は、補助上限額に200万円が加算されます。
Q5. 買収後に社内システムを統合する費用は、補助の対象になりますか？ A. PMI推進枠の事業統合投資類型の実施例に、業務統合・効率化を目的としたシステムの導入・最適化等があります。ただし例示で、個別の投資が対象になるか、採択されるかは別です。専門家に払う費用は、事業統合投資類型の対象外で、PMI専門家活用類型で検討する費用です。
Q6. 採択されれば、補助金は受け取れますか？ A. 受け取れるとは限りません。補助金は事業完了後の精算払いで、実績報告の確認を経て額が確定します。補助事業期間内にクロージングしなかった場合は補助上限額が300万円に変更され、原則DD費用のみが対象です。自己都合で実現しなかったと事務局が判断した場合は、全額が対象外になることがあります。
Q7. ソースコードや顧客リストだけを買う場合も、対象になりますか？ A. 事業譲渡で、有形資産のみ、無形資産（ブランド・ノウハウ等）のみの譲渡は、公募要領が原則対象外としています。従業員・顧客・設備を含む有機的一体の経営資源の引継ぎが確認できない場合は、要件を満たさないと事務局が判断する可能性があります。
出典
- 事業承継・M&A補助金事務局「中小企業生産性革命推進事業 事業承継・M&A補助金 専門家活用枠【買い手支援類型 売り手支援類型】公募要領 16次公募 Ver.1.0」（2026年9月） https://shoukei-mahojokin.go.jp/assets/documents/r7h/16-experts/requirements_experts_16.pdf
- 事業承継・M&A補助金事務局「中小企業生産性革命推進事業 事業承継・M&A補助金 PMI推進枠【事業統合投資類型】公募要領 16次公募 Ver.1.0」（2026年9月） https://shoukei-mahojokin.go.jp/assets/documents/r7h/16-pmi/requirements_pmi_investment_16.pdf
- 事業承継・M&A補助金事務局「中小企業生産性革命推進事業 事業承継・M&A補助金 PMI推進枠【PMI専門家活用類型】公募要領 16次公募」（2026年9月） https://shoukei-mahojokin.go.jp/assets/documents/r7h/16-pmi/requirements_pmi_experts_16.pdf
- 事業承継・M&A補助金事務局「令和7年度補正予算 - 事業承継・M＆A補助金」（16次公募の事業スケジュール、14次・15次公募の採択結果） https://shoukei-mahojokin.go.jp/r7h/
- 事業承継・M&A補助金事務局「事業承継・Ｍ＆Ａ補助金交付規程」（第23条 財産の処分の制限） https://shoukei-mahojokin.go.jp/assets/documents/issuance_regulations.pdf
- 中小企業庁「補助金の公募・採択」（十六次公募の公表日と申請受付期間） https://www.chusho.meti.go.jp/koukai/hojyokin/index.html