EC事業 株式譲渡 事業譲渡｜会社分割を含む3方式を、資産・負債・手続・課税の4点で選ぶ

「ネットショップを売りたい」と決めたとき、最初に決まっていないのは値段より、何を渡して何を残すかです。会社ごと売るのか、EC事業だけを切り出すのか。その選び方で、在庫や借入がどちらに残るか、誰にどの税金がかかるかが変わります。この記事は、株式譲渡・事業譲渡・会社分割の3方式を、資産・負債・手続・課税の4点で並べ、決める前に確認する項目まで整理します。

この記事の結論

• 先に決めるのは方式ではなく、売る範囲です。 EC事業が会社の全部なら株式譲渡が選べ、他の事業と同じ会社にあるなら事業譲渡か会社分割で切り出すことになります。
• 方式が変わると、移るものと残るものが変わります。 株式譲渡は簿外債務ごと会社を渡し、事業譲渡は資産・負債を選べる代わりに契約を一つずつ移し、会社分割は包括承継でも債権者の手続が要ります。
• 税額の比較は、この記事では行いません。 課税される人と税目の違いだけを整理し、試算は税理士に頼みます。

この記事の対象：EC事業・ネットショップの売却を考えている経営者。買い手として、どの方式で買うかを検討している方にも使えます。

EC事業の価値の見方はEC事業のM&A DATAにまとめています。この記事は、そのうち売却の「方式」だけを扱います。

方式を選ぶ前に、会社ごと売るのか、EC事業だけを売るのかを決める

結論： 3方式の違いは、移る範囲の違いです。EC事業だけを売りたいのに株式譲渡を選ぶことはできないので、売る範囲から決めます。

中小M&Aガイドライン（第3版）は、中小M&Aの実務では株式譲渡か事業譲渡が選ばれることが多いとし、そのほかの手法として会社分割などを挙げています。参考資料「中小M&Aの主な手法と特徴」の説明を、EC事業に当てはめて並べると次のとおりです。

EC事業が会社の一部なら、株式譲渡は他の事業・借入ごと渡すことになる

結論： 一つの会社でECと別の事業をやっているなら、株式譲渡は会社全体の売却です。EC事業だけを売るには、事業譲渡か会社分割で切り出します。

株式譲渡では、会社の組織がそのまま引き継がれ、資産、負債、契約が原則存続します。一方、ガイドラインは、会社の法人格が変わらないため、貸借対照表に出ない簿外債務（未払残業代など）や、まだ発生していない偶発債務（紛争に関する損害賠償債務など）も引き継がれ、より詳細なデューデリジェンスが行われる傾向があると説明しています。

事業譲渡は、承継対象財産を選べ、譲り渡し側の法人格から切り離せるため、簿外債務・偶発債務のリスクを比較的遮断しやすいとされています。

仮の数字で、何が会社に残り、何が移るかを見ます。会社は、EC事業と別の事業を持ち、本社の運転資金として銀行借入があるとします。

この仮の数字では、対象のEC事業の資産は在庫と売掛金の合計で1,000万円、負債は買掛金と未払金の合計で400万円、差し引き600万円です。これは帳簿上の差額で、売却価格ではありません。在庫の評価はECサイト 売却 在庫で扱っています。

表の「入れなければ売り手に残る」は、債権者に対して自動的に責任がなくなる意味ではありません。次の2つの節で、売り手に残る責任を確認します。

事業譲渡は選べる代わりに、契約を一つずつ移し、移した後の責任も残る

結論： 事業譲渡は、何を渡すかを契約で決められます。ただし、債権者や取引先の同意を一つずつ取る必要があり、会社法には、譲り渡した後の責任を定めた規定もあります。

事業譲渡で債権債務や契約を移すには、債権者や従業員の同意を一つずつ取り付ける、とガイドラインは説明しています。EC事業では、モールとの出店契約や仕入先との取引契約がこれに当たります。モールの契約の移し方はAmazon セラーアカウント 譲渡で扱っています。

会社法の規定で、売り手と買い手の双方が知っておくものは次の3つです。

会社法第22条の「商号」にショップ名やサイト名が当たるかどうかは、本記事では確認していません。ショップ名を続けて使う売却では、弁護士に確認してください。

会社分割は契約を包括承継できるが、債権者の手続と、承継しない債務の責任がある

結論： 会社分割は、事業に関する権利義務を会社法の手続で他の会社に承継させる方式です。債権者に異議を述べる機会を与える手続があり、承継しない債務の扱いにも決まりがあります。

ガイドラインは、会社分割を、事業に関して有する権利義務の全部または一部を、他の会社（または分割で新たに設立する会社）に包括的に承継させる手続と説明しています。中小企業庁の白書は、会社分割を、原則として複数の事業を行う会社が、ある事業部門だけを子会社または兄弟会社として切り出し、その一方の会社を譲受企業に株式譲渡するか、吸収分割する手法と説明しています。EC事業だけを残して売る場合の、事業譲渡との違いは次のとおりです。

会社分割で承継しない債務の債権者を害することを知って分割した場合、その債権者（残存債権者）は、承継した財産の価額を限度に、承継した会社へ債務の履行を請求できます（会社法第759条第4項）。買い手は、承継しない債務の状況も確認しておく必要があります。債務の扱いは、弁護士と一緒に、債権者ごとに決めます。

課税される人と税目は、方式で変わる。会社分割は適格かどうかで売り手の課税が変わる

結論： 税額の比較は、仮の前提を置いても実際の売却には当てはまらないため、この記事では行いません。ここでは、方式ごとに、課税される人と、確認する条文・資料を整理します。

3方式の税率や、個人経営・法人それぞれの課税の流れは、スナック 売却 税金に、飲食店を例に整理しています。売り手が個人か法人か、株式譲渡か事業譲渡かで課税の流れが分かれる点は、EC事業の売り手が自分の位置を確かめるときに参照できます。

会社分割の課税で確認が必要なのは、適格分割に当たるかどうかです。法人税法第2条第12号の11は、適格分割を、分割対価資産として分割承継法人（または分割承継親法人）の株式以外の資産が交付されないものなどとして定めています。本記事の整理では、買い手が現金で対価を払う形の分割は、この要件に当たらない可能性があります。そのため、現金での売却を前提に会社分割を使うと、売り手の会社には時価での譲渡として課税される可能性があります。切り出した会社の株式を売る形では、分割の対価は株式になりますが、適格になるかは分割後の株式の保有関係などで決まります。いずれの場合も、適格の判定は、分割法人と分割承継法人の関係など、政令で定める事項にも左右されます。本記事では政令の内容までは確認していないため、実際の判定は税理士に確認してください。

繰越欠損金の扱いも、方式で見方が変わります。国税庁のタックスアンサーNo.5762は、青色申告書を提出した事業年度の欠損金を繰り越して控除できると説明しています。法人税法第57条は、欠損金を生じた法人の各事業年度の所得の計算上、損金に算入するものです。本記事の整理では、欠損金は、欠損金を生じた法人に帰属するものとして読めます。同条第2項は、適格合併などの場合の引継ぎを定めており、事業譲渡や会社分割で売り手の繰越欠損金が買い手に移ると読める記載は確認できませんでした。株式譲渡では、買い手が発行済株式の50%を超える株式を持つなど、特定支配関係を有することになった法人について、一定の事由に該当すると欠損金の繰越しが使えなくなる規定があります（法人税法第57条の2）。該当する事由は政令などで定められており、本記事では整理していません。

買い手側の取得コスト（消費税の扱い、資産の取得価額、DDの費用など）は、方式で変わりますが、本記事では確認できた範囲を超えるため、買い手の税理士に確認してください。

方式を決める前に、売り手と買い手が確認する6つの項目

結論： 方式は、次の6つを確認した結果として決まります。確認する相手は、方式の違いに応じて、弁護士、税理士、モール、債権者です。

税理士に頼む試算は、方式の候補ごとに、同じ条件で行います。条件が揃っていない試算を並べると、方式の差ではなく前提の差が結果に出ます。

まとめ

• 先に決めるのは、会社ごと売るのか、EC事業だけを売るのかです。その範囲で、株式譲渡・事業譲渡・会社分割のどれが選べるかが決まります。
• 株式譲渡は簿外債務ごと会社を渡し、事業譲渡は資産・負債を選べる代わりに契約を一つずつ移し、会社分割は包括承継でも債権者の手続と、承継しない債務の責任があります。
• 課税される人と税目は方式で変わり、会社分割は適格かどうかで売り手の課税が変わります。税額の比較は、方式の候補ごとに、同じ前提で税理士に試算を頼みます。

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よくある質問（FAQ）

Q1. EC事業を売るとき、株式譲渡・事業譲渡・会社分割のどれがよいですか？ A. 一概には言えません。EC事業が会社の全部なら株式譲渡が選べ、他の事業と同じ会社にあるなら事業譲渡か会社分割でEC事業を切り出します。株式譲渡は簿外債務・偶発債務ごと引き継ぎ、事業譲渡は対象を選べますが契約を一つずつ移す必要があり、会社分割は包括承継でも債権者の手続があります。売る範囲、資産・負債、契約、課税の4点で比べます。

Q2. 会社の一部であるEC事業だけを売るには、どうすればよいですか？ A. 事業譲渡で資産・負債を選んで売るか、会社分割で切り出す方法があります。会社分割でEC事業を別の会社に切り出し、その会社を譲受企業に株式譲渡する手法は、中小企業庁の白書にも紹介されています。どの方式でも、売る範囲と、売り手に残す資産・負債を一覧にしてから、弁護士と税理士に確認します。

Q3. 事業譲渡で、借入や未払金を買い手に移せますか？ A. 債権者の同意を取れば移せます。中小企業庁のガイドラインの参考資料は、事業譲渡では債権債務を含む契約関係を、債権者や従業員の同意を取り付けて一つずつ切り替えると説明しています。同意が取れなければ、その債務は売り手に残ります。

Q4. 会社分割にはなぜ時間がかかるのですか？ A. 会社法の手続が必要だからです。分割後に分割会社へ債務の履行を請求できない債権者には、官報への公告と、知れている債権者への各別の催告を行い、異議を述べる期間を1か月以上設けます（会社法第789条）。登記も必要です。承継させる資産の帳簿価額が総資産額の5分の1を超えない場合は、株主総会の承認が要らない場合があります。

Q5. 方式によって、税金はどう変わりますか？ A. 課税される人と税目が変わります。株式譲渡は株式を売ったオーナー個人の譲渡益に申告分離課税がかかり、事業譲渡は対価が会社に入り、会社の課税とオーナーに渡す段階の課税があります。会社分割は、法人税法上、適格分割に当たらなければ時価での譲渡として所得を計算します。税額の比較は前提で大きく変わるため、方式の候補ごとに同じ前提で税理士に試算を頼んでください。

Q6. 売り手の繰越欠損金は、買い手に引き継げますか？ A. 本記事で確認できた範囲では、事業譲渡や会社分割で売り手の繰越欠損金が買い手に移ると読める記載はありませんでした。法人税法第57条第2項が引継ぎを定めるのは、適格合併などの場合です。株式譲渡では、本記事の整理では会社が同じため欠損金は会社に残りますが、買い手が50%を超える株式を持つなどしたうえで、旧事業の廃止などの一定の事由に該当すると、欠損金の繰越控除が使えなくなる規定（第57条の2）があります。個別の判断は税理士に確認してください。

出典

• 中小企業庁「中小M&Aガイドライン（第3版）-第三者への円滑な事業引継ぎに向けて-」（令和6年8月） https://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/shoukei/download/m_and_a_guideline.pdf
• 中小企業庁「（参考資料1）中小M&Aの主な手法と特徴」（中小M&Aガイドライン（第3版）参考資料） https://www.chusho.meti.go.jp/zaimu/shoukei/download/m_and_a_guideline_s01.pdf
• 中小企業庁「第2節　M＆Aの現状と実態」（中小企業白書 2018年版） https://www.chusho.meti.go.jp/pamflet/hakusyo/H30/h30/html/b2_6_2_1.html
• 会社法（平成十七年法律第八十六号）第22条・第23条・第309条・第467条・第469条・第759条・第783条・第784条・第789条・第804条・第805条 https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086
• 法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第2条・第57条・第57条の2・第62条・第62条の2・第62条の3 https://laws.e-gov.go.jp/law/340AC0000000034
• 国税庁 タックスアンサー「No.1463 株式等を譲渡したときの課税(申告分離課税)」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1463.htm
• 国税庁 タックスアンサー「No.6201 非課税となる取引」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6201.htm
• 国税庁 タックスアンサー「No.6931 消費税等と譲渡所得」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6931.htm
• 国税庁 タックスアンサー「No.5762 青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越控除」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5762.htm